Операционная система Лотос состоит из следующих основных подсистем:

• Подсистема работы с аппаратной составляющей СВТ. Обеспечивает установку и запуск операционной системы;
• Подсистема загрузки операционной системы. Данная подсистема обеспечивает загрузку операционной системы одним из определенных на этапе настройки системы способов;
• Подсистема аутентификации и идентификации пользователя. Данная подсистема обеспечивает возможность надежной аутентификации и идентификации пользователя по его имени и паролю;
• Подсистема управления доступом. Обеспечивает, как доступ субъектов к объектам на основе списков управления доступом или матрицы доступа, так и разграничение доступа субъектов к объектам;
• Подсистема регистрации событий системы. Данный подсистема обеспечивает запись и централизованное хранение информации о важных программных и аппаратных событиях, действиях пользователя;
• Подсистема управления временем. Обеспечивает синхронизацию всех процессов, как на уровне АРМ, так и на уровне корпоративной сети;
• Подсистема взаимодействия с пользователем. Обеспечивает интерактивное, в первую очередь графическое, взаимодействие операционной системы с пользователем, установку, обновление и запуск прикладного и системного программного обеспечения;
• Подсистема работы с печатью на основе CUPS. Данная подсистема обеспечивает установку и настройку периферийных печатающих устройств, и вывод документов на печать;
• Подсистема администрирования. Подсистема обеспечивает настройку и управление операционной системой Лотос;